Cấu trúc âm tiết tiếng là CV(C), tức là, bắt buộc phải phải có một phụ âm đầu và nguyên âm, còn phụ âm cuối có thể có hoặc không. Ngôn ngữ này cũng có một vài cụm phụ âm.

Nguyên âm

Có năm nguyên âm trong tiếng Ainu:

Phụ âm

Các âm tắc /p t ts k/ có thể được hữu thanh hóa thành [b d dz ɡ] giữa nguyên âm và sau âm mũi. /ti/ và /tsi/ hay trở thành [t͡ʃi], /s/ thành [ʃ] trước /i/ và ở cuối âm tiết.